光学部件的表面落下尘埃极难清除，所以防止尘埃落入镜筒、物镜镜体内部和一切光路管道内部极为重要。为此，显微镜操作者必须养成一种生活习惯:随时随地注意防尘。例如拧下物镜时，必须将其旋座向下倒放在干净的台面上，或立即装入物镜盒中；拔出目镜后，随手用镜筒塞或干净纸帽盖上镜筒口；置换显微照相暗箱、光电倍增器、光栏基座时，随手盖好连接口盖，绝不留下跌入尘埃的空隙；拔出滤光片和插板时，即时堵塞插板孔。一旦发现透镜、棱镜和反射镜等光学表面上有尘埃时，先用洗耳球反复吹拂，直至完全消除尘埃颗粒为止。有些尘粉颗粒仍不脱落时，可用干净、干操、细软毛笔扫除干净。当然这种清除工作是极为麻烦的，特别需要耐心。绝不能用手指或粗布硬性磨擦。  

光学具组表面沾污油脂时，既要清洗油污，同时特别注意保护镜面的光学光洁度。zui常要清洗的是油浸物镜的前透镜。每次使用此类物镜完毕时，都要清拭干净，绝不能叫浸油干涸在物镜面上。为此zui常用的方法是在擦镜纸上滴一滴纯净二甲苯，放在物镜前透镜上轻轻地用手指压着抽过擦镜纸一次或几次.对物镜前透镜绝不能用粗布用力擦拭，更不能用手指尖磨擦。粗布纤维和手指角化表皮细胞对于光学表面的损伤程度是非常严重的，光学表面磨出一条划痕就足以干扰成像光束的同心性行程。  

在日常工作中往往容易把干燥系物镜上也沾染镜油，因此当发现显微镜视野不清晰时应该取下物镜加以检查。检查方法并不复杂.首先取下物镜用手把持物镜，同时拿目镜。物镜的前透镜向上，目镜的接目透镜向下，对准物镜，在斜射光线下观察物镜是否沾污，检查结果说明油演已清除，但仍有二甲苯挥发后留下的彩纹时，可用柔软的鹿皮轻轻擦拭。揉制好的皮皮的纤维远比细绸布纤维柔软。在日常工作中，常常遇到未经专门训练的显微镜操作者用手指擦拭物镜或用粗布粗鲁地擦拭物镜，这是不允许的恶习。