荧光探针的作用是标记待测物质，使之能够利用荧光测定的方法得到检测，并获得正确的实验结果。那么如何选择合适的共聚焦显微镜荧光探针呢？

　　根据实验目的确定需要检测的指标选择探针一旦检测指标确定，则荧光探针的选择范围也随之确定。

　　确定可供选择的荧光探针的范围再就是看荧光探针的特性是否符合荧光样品的制备要求荧光探针的特性直接影响着样品的标记和实验效果。这些特性包括:与待测的分子或离子反应的选择性或专一性、荧光探针的跨细胞膜特性、与样品结合的价键类型、反应的浓度和环境条件（温度、回H值、反应介质、作用时间）、荧光探针是否对实验有干扰（其中包括对细胞的副作用）。还要考虑荧光探针的灵敏度及荧光强度，荧光探针标记后样品的光谱特性及荧光的稳定度等等。