真实色共焦显微镜与激光扫描共焦显微镜，二者在成像原理上基本是一样的，最大不同之处是照明光源不同。1、激光扫描共焦显微镜激光扫描共焦显微镜的照明光源是激光，即单色光。其实际成像过程是根据被观察物体对该单色激光的反射光的强弱来成像的。由于是单色光照明，不能分辨颜色，对于在同一试样的同一视场内，颜色不同，但对该单色激光反射光强度相同的不同组织或成分不能分辨。容易产生同相异色，同色异相的现象，不利于对微观组织和成分的正确分辨。2、真实色共焦显微镜真实色共焦显微镜的光源是氙光源，即白光。其实际成像过程是在白光照明的条件下，对物体形貌（包括颜色）进行综合的成像。由于是多色光照明和成像，真实色共焦显微镜能够更真实的反应物体的颜色和形貌，避免了激光扫描共焦显微镜产生的同相异色，同色异相的现象发生，观察者可以通过颜色，分辨和判断试样的成分和组织。在这方面，其分辨率远强于激光扫描共焦显微镜综合分析：在有颜色差异的试样的观察条件下，真实色共焦显微镜避免了激光扫描共焦显微镜产生的同相异色，同色异相的现象发生，观察者可以通过颜色，分辨和判断试样的成分和组织。在这种条件下，真实色共焦显微镜的分辨率高于激光扫描共焦显微镜。在单色试样的观察条件下，分辨率才接近各自的技术指标。然而，在实际观察的试样中，绝大多数不同的组织和成分都是有颜色差异的。对应于没有颜色差异或颜色差异小的试样，可以通过人为的染色（例如腐蚀处理），提高图像的分辨能力。在这一方面，激光扫描共焦显微镜是无能为力的。另外，分辨率是在特定条件下所能达到的一项技术指标，当在实际使用中，不满足该技术条件时（实际是常常不能满足），其分辨率是达不到所给出的数值。下图是镍铬合金在普通单色激光共聚焦显微镜中的成像，以及使用真实色共聚焦显微镜所成图像的对比，其中红圈内是不同的化合物掺杂，可以清楚看到用单色激光共聚焦显微镜所成的图像，仅凭灰度是无法准确反应其中化合物掺杂的区别的，而真实色共聚焦却可以清楚区分他们的不同。