我毕业之前在北京电子显微镜中心，电子显微镜常用的有两种：扫描电镜（SEM），透射电镜（TEM）。另外还有扫描隧道显微镜，原子力显微镜。

为什么用电子显微镜，电子显微镜不是像电子计算机的那种电气化，而是用电子打在样品上，用电子束成像。这主要是因为电子的波长小，光的波长在400到700纳米量级，而电子的波长公式是 lambda=h/(mv)，一般用的电压是80kV 到 300kV，电子的波长就是在0.01纳米左右，和原子的大小接近。更短波长的好处，是可以观测到更小尺寸的东西，否则会因为波的衍射和干涉无法分辨。

通常看到的生物样品，和高倍昆虫图片，是用扫描电镜拍到的，实际上这是电子显微镜中放大倍数最低的，纯科普的。这些其实还可以用光学显微镜看。我们说的「颜色」是可见光的颜色，对于电子来说，它不是光，因此没有颜色一说。所以楼主说的用电子显微镜看叶绿体，你说是什么颜色呢？

扫描电子显微镜目前最广泛的用途是看电子元件，像CPU现在都是25纳米制程，这些的检查都是用高分辨率的扫描电镜。还有一些生物样品，比如骨头断面组织之类也会用到扫描电镜。还有纳米线的形貌像（外观）。

（苹果A6处理器的扫描电镜截面图）透射电镜顾名思义，就是电子要透过样品，在后面成像。所以可以想见样品要非常薄，减薄到几个纳米，在边缘更薄，否则就是一片漆黑了。但是其实电子束在200kV下面还是很有穿透性的，是可以穿透金属和各种材料的，所以他的终极意义就是看到「原子」。加引号，是因为我们不能真正看到原子，只能看到「原子柱」。而且有时候内部结构复杂，看到的图像也是多种因素造成的结果，但总的来说是最接近看到原子的成像了。(Intel Ivy Bridge Xeon 处理器中的半导体结构，TEM成像 )