显微镜的类别是根据不同的标准进行分类的，从显微镜的目镜的个数上来说，可以分为单筒生物显微镜和双目生物显微镜，现在多数显微镜留有一个专门连接电脑的通道，所以我们很多时候还能听到三目的说法。从使用光源的类型上又可分为激光显微镜、荧光显微镜、普通光等显微镜。同时按光学原理又能分为相衬和微差干涉对比显微镜等。以及其他分法如立体视觉和非立体视觉；目镜、摄影、电视显微镜等等。

         单筒显微镜一般说的是非常古老的一类生物显微镜，当然现在也有这种显微镜销售。主要是用于看动植物切片时用，价格低但成像质量有所欠缺。双目显微是带有两个目镜的显微镜，能够用人的双眼同时观察，带两个目镜的显微镜我们都可以称它为双目显微镜。以此类推，三目显微镜就是带有三个目镜的显微镜，不同的是第三目不是人眼直接观察的，而是给摄像头留的一个借口，连接摄像头后通过电脑就能把显微镜下的世界呈现在电脑屏幕上，并且它一般还配有专门的软件，能对生物进行各种测量，计数等。

         激光显微镜是光学显微镜与现代显微镜的结合，CLSM由共聚焦显微镜和飞秒红外激光器Verdi/Mira两部分组成。而荧光显微镜是用紫外光照射被检物，让被检物发出荧光通过显微镜镜头被我们观察到的一种显微镜，它主要的区别是在荧光的使用上。普通光有我们传统的太阳光经过反射镜照射被检物来提供光线，现在多采用卤素灯和LED灯来照明，这样在黑暗的环境下也能使用显微镜。

        相差显微镜是荷兰科学家Zernike于1935年发明的，用于观察未染色标本的显微镜。        显微镜的种类很多，但大体都是通过用途和原理来分类的，只要了解自己想要什么效果，选择显微镜就不难了。