1）防尘光学元件表面落入灰尘,不仅影响光线通过,而且经光学系统放大后,会生成很大的污斑,影响观察.灰尘、砂粒落入机械部分,还会增加磨损,引起运动受阻,危害同样很大.注意保持显微镜的清洁。

2）防潮光学镜片就容易生霉、生雾.机械零件受潮后,容易生锈.显微镜箱内应放置1～2袋硅胶作干燥剂。

3）防热避免热胀冷缩引起镜片的开胶与脱落.因此,生物显微镜要放置在干燥阴凉、无尘、无腐蚀的地方.使用后,要立即擦拭干净,用防尘透气罩罩好或放在箱子内.当显微镜闲置时,用塑料罩盖好,并储放在干燥的地方防尘防霉.将物镜和目镜保存在干燥器之类的容器中,并防些干燥剂。

4）防腐蚀显微镜不能和具有腐蚀性的化学试剂放在一起.如硫酸、盐酸、强碱等。