通常情况下，光学部件的表面落下尘埃是很难清除的，所以在显微镜的使用过程中，防止尘埃落入镜筒、物镜镜体内部和一切光路管道内部的清洁尤为重要。  首先显微镜操作者必须养成一种生活习惯，随时注意防尘。例如在拧下物镜时，必须将其旋座向下倒放在干净的台面上.或立即装入物镜盒内；关于拔出目镜的方法，随手用镜简塞或干净纸帽盖上镜简口；在置换显微照相暗箱、光电倍增器、光栏基座时，野营随手盖好连接口盖，绝不留下能使尘埃进入的空隙；且在拔出滤光片和插板时，应即时堵塞插板孔.一旦发现透镜、棱镜和反射镜等光学表面上有任何尘埃时，先用洗耳球进行反复吹拂，直至完全消除尘埃颗粒为止。但有时有些尘粉颗粒仍不能脱落时，可用干燥、细软毛笔进行扫除，直至干净为止。当然，类似这种清除工作也是特别麻烦的，需要有耐心。绝不能直接用手指或粗布进行硬性磨擦。  同时，在光学具组表面沾污油脂时，既需要清洗油污，同时也要特别注意保护镜面的光学光洁度。zui常要清洗的是油浸物镜的前透镜。且在每次使用此类物镜完毕时，都要清理干净，绝不能让浸油干涸在物镜表面。这里zui常用的方法是在擦镜纸上滴上纯净二甲苯，放在物镜前透镜上轻轻地用手指压着抽过擦镜纸几下即可。同时要注意，对物镜前透镜绝不能用粗布进行擦拭，更不能用手指尖磨擦。粗布纤维和手指角化表皮细胞对于光学表面的损伤程度是较为严重的，一旦光学表面磨出一条划痕，就足以干挠成像光束的同心性行程。  一般使用者，在日常工作中往往容易把干燥系物镜上也沾染镜油，当我们发现显微镜视野不清晰时，应该即时取下物镜加以检查。检查方法较为简单。先取下物镜，用手把持物镜，同时拿目镜，使物镜的前透镜向上，目镜的接目透镜向下，同时对准物镜，在斜射光线下观察物镜是否沾污,如果仍有二甲苯挥发后留下的彩纹时，也可用柔软的鹿皮轻轻擦拭。在日常工作中，也常常遇到未经专门训练的显微镜操作者，随意用手指擦拭物镜或用粗布擦拭物镜，这是要避免的行为。  此外，反射镜、聚光镜和棱镜镜面不清洁时，也可用下列配方配制清洗液加以清洗:  甲基醋酸钠65%；  乙醇30 %；  二乙基yimi5%；  同时，当擦拭光学元件表面时，还应特别注意保持各个光学元件的原有位置及角度。在清理过程中，万一触动了某一元件使之偏离光路时，也不要自己随意进行整修。