生物显微镜不论在使用或者存放时应在稳固的平台上，同时应避免灰尘、潮湿、过冷、过热及含有酸碱性的蒸汽。

一套有低倍到高倍的聚焦物镜可分别旋合到物镜转换器合螺孔内，旋合时松紧应适应。

使用完毕后应用擦镜纸擦拭干净物镜、目镜，罩好护罩。

透镜表面有污垢时，可用清洁的脱脂纱布或擦镜纸，沾上少许甲苯或石油醚擦净，再抹干，切忌用酒精，否则透镜上的胶将被溶解。

生物显微镜长期使用后注意在各传动部分加些润滑脂，所用油脂宜粘度适当，避免酸性。

生物显微镜仪器结构精密，零件不宜随意拆卸，应请专业人员维修，并记录。