激光共聚焦显微镜和扫描电镜都是点源逐点扫描成像，通过控制扫描驱动范围，调节放大倍数。激光共聚焦显微镜是通过激光扫描的方式工作，可以获得三维图像。扫描电镜是利用细聚焦电子束在样品表面扫描时激发出来的各种物理信号来调制成像的，只能得到二维图像，不能得到三维图像。
 
　　1、极限分辨率不同(放大信号源不同)
 
　　激光共聚焦：极限分辨率 150nm
 
　　扫描电镜：20nm~0.8nm
 
　　2、扫描驱动方式不同
 
　　激光共聚焦：激光转镜控制激光扫描范围和扫描速度
 
　　扫描电镜：电磁线圈控制电子束扫描范围和扫描速度
 
　　3、立体成像不同
 
　　激光共聚焦：通过纳米精度步进电机驱动样品在Z轴方向逐层成像，软件将设定的各层图像合成清晰三维立体图像
 
　　扫描电镜： 单帧图像具有很大景深，属于二维图像
 
　　4、应用范围不同
 
　　激光共聚焦：几倍~ 几千倍
 
　　扫描电镜 ：几倍~几十万倍
 
　　5、工作环境不同
 
　　激光共聚焦：可在大气环境中测试样品
 
　　扫描电镜：在高真空环境下测试样品
 
　　激光共聚焦显微镜 的优点
 
　　激光共聚焦显微镜 汇集了激光技术、显微镜技术、免疫荧光技术、计算机及图像处理技术、精密的机械技术等，高、精、尖细胞分析及工程技术于一体的新技术。使其成为形态学、分子细胞生物学、神经科学、药理学、遗传学等领域中新一代强有力的研究工具。
 
　　激光共聚焦显微镜 是现今较为先进的光学显微镜，其主要优点为：
 
　　1、以激光为光源，在相应的荧光探针标记后，对样本进行逐点扫描，逐层获得二维光学横断面图像，具有“细胞CT”的功能，并可通过计算机三维重建软件支持，获得三维图像，并可以任意角度旋转，观察细胞，组织立体形态和空间关系；
 
　　2、可以对活细胞和组织进行无损伤的观察，动态测量细胞内的Ca离子浓度和pH值等活细胞生理信息；
 
　　3、可对细胞膜的流动性，细胞间通讯，细胞融合，细胞骨架弹性测量等，可用作“光刀子”完成细胞内“外科手术”。这一技术可以对活细胞和组织进行原位动态定量的观察和测量。