1、数码显微镜具有显微摄像功能，把观察到的显微效果保存下来，形成图文文件，可给相关部门互相传阅;普通显微镜只能通过目镜观察，不能进行显微摄像。

2、数码显微镜与电脑相接，可以实现多人同时观察;普通显微镜只能一人观察。

3、数码显微镜可以通过电脑屏幕预览，可以减少眼睛疲劳;普通显微镜则需要每时每刻通过目镜观察，容易造成眼睛过度疲劳。

4、数码显微镜的成像装置可以有测量，打印图文报告，录像等功能;普通显微镜只能单纯的进行显微观察。

5、数码显微镜是现代科学仪器仪表发展的一个新时代，具有很多普通显微镜没有的功能。它在科学研究、产品检测、教学演示、考古等方面都有迅速的发展。