扫描电子显微镜的优势为可以直接观察非常粗糙的样品表面，参差起伏的材料原始断口。但其劣势为样品必须在真空环境下观察，因此对样品有一些特殊要求,总的来说：干燥，无油，导电。  

1、形貌形态，必须耐高真空。  

例如有些含水量很大的细胞，在真空中很快被抽干水分，细胞的形态也发生了改变，无法对各类型细胞进行区分；   

2、样品表面不能含有有机油脂类污染物。  

油污在电子束作用下容易分解成碳氢化物，对真空环境造成极大污染。样品表面细节被碳氢化合物遮盖；碳氢化合物降低了成像信号产量；碳氢化合物吸附在电子束光路引起极大象散；碳氢化合物被吸附在探测器晶体表面，降低探测器效率。对低加速电压的电子束干扰严重。   

3、样品必须为干燥。  

水蒸气会加速电子枪阴极材料的挥发，从而极大降低灯丝寿命；水蒸气会散射电子束，增加电子束能量分散，从而增大色差，降低分辨能力。   

4、样品表面必需导电。  

在大多数情况下，初级电子束电荷数量都大于背散射电子和二次电子数量之和，因此多余的电子必须导入地下，即样品表面电位必须保持在0电位。如果样品表面不导电，或者样品接地线断裂，那么样品表面静电荷存在，使得表面负电势不断增加，出现充电效应，使图像畸变，入射电子束减速，此时样品如同一个电子平面镜。   

5、在某些情况下，样品制备变成重要的考虑因素。  

若要检测观察弱反差机理，就必须消除强反差机理（例如，形貌反差），否则很难检测到弱的反差。当希望EBSD背散射电子衍射反差，I和II型磁反差或其他弱反差机理时，磁性材料的磁畴特性必需消除样品的形貌。采用化学抛光，电解抛光等，产生一个几乎消除形貌的镜面。 特殊情况:磁性材料，必须退磁。