电子显微镜是以电子束为照明源，通过电子流对样品的透射或反射及电磁透镜的多级放大后在荧光屏上成像的大型仪器，电子显微镜由电子流代替可见光，由磁场代替透镜，让电子的运动代替，是利用了波长比普通可见光短得多的X射线成像，具备很高的分辨率。而光学显微镜则是利用可见光照明，将微小物体形成放大影像的光学仪器。概括起来，电子显微镜与光学显微镜主要有以下几个方面的区别：1.照明源不同。电镜所用的照明源是电子枪发出的电子流，而光镜的照明源是可见光（日光或灯光），由于电子流的波长远短于光波波长，故电镜的放大及分辨率显著地高于光镜。2.透镜不同。电镜中起放大作用的物镜是电磁透镜（能在*部位产生磁场的环形电磁线圈），而光镜的物镜则是玻璃磨制而成的光学透镜。电镜中的电磁透镜共有三组，分别与光镜中聚光镜、物镜和目镜的功能相当。3.成像原理不同。在电镜中，作用于被检样品的电子束经电磁透镜放大后打到荧光屏上成像或作用于感光胶片成像。其电子浓淡的差别产生的机理是，电子束作用于被检样品时，入射电子与物质的原子发生碰撞产生散射，由于样品不同部位对电子有不同散射度，故样品电子像以浓淡呈现。而光镜中样品的物像以亮度差呈现，它是由被检样品的不同结构吸收光线多少的不同所造成的。4.所用标本制备方式不同