光学部件的表面落下尘埃极难清除，所以防止尘埃落入镜筒、物镜镜体内部和一切光路管道内部极为重要。为此，显微镜操作者必须养成一种生活习惯:随时随地注意防尘。例如拧下物镜时，必须将其旋座向下倒放在干净的台面上，或立即装入物镜盒中；拔出目镜后，随手用镜筒塞或干净纸帽盖上镜筒口；置换显微照相暗箱、光电倍增器、光栏基座时，随手盖好连接口盖，绝不留下跌入尘埃的空隙；拔出滤光片和插板时，即时堵塞插板孔。一旦发现透镜、棱镜和反射镜等光学表面上有尘埃时，先用洗耳球反复吹拂，直至完全消除尘埃颗粒为止。有些尘粉颗粒仍不脱落时，可用干净、干操、细软毛笔扫除干净。当然这种清除工作是极为麻烦的，特别需要耐心。绝不能用手指或粗布硬性磨擦。