自动显微照相装置由带有相机盒的曝光装置、照相目镜（ 或称投影目镜） 、取景调焦镜、调焦放大镜、照相控制器等构成。通过专用接口与正置显微镜的三目镜筒或倒置显微镜的侧光口连接, 建议使用同一制造厂产品。

除在倒置显微镜上有安装手动显微照相装置外, 现在的生物显微镜普遍采用自动显微照相装置。自动显微照相装置一般应具备胶片规格选择、调试感光度设置、倒易律失效补偿、色温测定、曝光模式选择、测光模式选择、曝光调节等功能。

中性密度滤光片（Neutral Density, ND） : 按一定%吸收光量, 并不影响色温。在样品层次较少、镜像过亮的情况下使用, 常用ND25 或ND12、ND6。彩色补偿滤光片（Color compensation, CC） : 某些制片会残留偏色（ 如组化, 橙黄色） , 干扰镜像的背景和组织结构的颜色, 偏色纠正遵循光色互补原理。

    绿色滤光片: 增加绿色波长使物镜色差纠正到zui佳。HE 染料对绿色吸收能力强增加反差, 用于黑白照相。

    特殊目的滤光片: 专用于某种酶染色、调试免疫组化等样片照相。