原子力显微镜（AFM）和扫描隧道显微镜（STM），通常情况下，并不是用来观察极限分辨率尺度样品的。显微镜并非一定要使用最大分辨率拍摄每张照片，所以不能用某一张图片的分辨率来代表机器的技术信息。

STM的图像本质是由电子态密度的卷积得到的电流所获得的，这个电子态密度决定于针尖原子和被扫描样品的表面。STM有一种恒高度工作模式，就是保持针尖与样品表面的高度不变通过电流大小的反馈控制针尖的位置，而这个电流十分敏感，约0.1纳米的改变量就会造成电流大小数量级上的变化，换句话说在Z轴上，即针尖所在轴的分辨率可以达到0.01纳米的量级，而决定这个变化的因素一般就是针尖上的几个原子。因此做STM一个好的针尖很重要，不好的针尖会带来很大的“边际效应”比如双针尖或者图像不连续出现重影等状况。 AFM本质是相互作用力的大小，引力斥力都有，而且在相对范围内的原子数量比STM要多得多并且参与AFM的成像，所以其分辨率会相对低一些，但是AFM的适用范围广多了，而且做得好的纳米级别的AFM也不是没有。