扫描探针显微镜作为一种强有力的表面表征工具，它不仅可以表征表面的三维形貌，还能定量地研究表面的孔径大小、粗糙度和分布及颗粒尺寸，在许多学科均可发挥作用。

　　扫描探针显微镜作为新型的显微工具与以往的各种显微镜和分析仪器相比有着其明显的优势：

　　首先，扫描探针显微镜具有极高的分辨率。它可以轻易的“看到”原子，这是一般显微镜甚至电子显微镜所难以达到的。

　　其次，扫描探针显微镜得到的是实时的、真实的样品表面的高分辨率图像。而不同于某些分析仪器是通过间接的或计算的方法来推算样品的表面结构。也就是说，扫描探针显微镜是真正看到了原子。

　　再次，扫描探针显微镜的使用环境宽松。电子显微镜等仪器对工作环境要求比较苛刻，样品必须安放在高真空条件下才能进行测试。而扫描探针显微镜既可以在真空中工作，又可以在低温、常温、高温，甚至在溶液中使用。因此扫描探针显微镜适用于各种工作环境下的科学实验。

　　扫描探针显微镜的应用领域是宽广的。无论是化学、物理、生物、医学等基础学科，还是微电子、材料等应用学科都有它的用武之地。

　　扫描探针显微镜的价格相对于电子显微镜等大型仪器来讲是较低的。

　　目前扫描探针显微镜中广泛使用管状压电扫描器的垂直方向伸缩范围比平面扫描范围一般要小一个数量级，扫描时扫描器随样品表面起伏而伸缩，如果被测样品表面的起伏超出了扫描器的伸缩范围，则会导致系统无法正常甚至损坏探针。因此，扫描探针显微镜对样品表面的粗糙度有较高的要求；

　　由于系统是通过检测探针对样品进行扫描时的运动轨迹来推知其表面形貌，因此，探针的几何宽度、曲率半径及各向异性都会引起成像的失真。