荧光显微镜大体上可以分为透射式荧光显微镜和反射式（落射式）荧光显微镜。由于透射式荧光显微镜存在一系列的缺点，现在几乎已经被淘汰了，由更先进的反射式荧光显微镜所代替。

反射式荧光显微镜多用高压汞灯或卤素灯作为光源，所用的物镜必须能够透过足够的紫外光，而且本身不产生荧光，对数值孔径没有限制。而且，它的物镜不仅能作为物镜用，还可以作为聚光镜用。而且它既可以观察厚的标本或不透明的标本都能观察。

    反射式荧光显微镜存在的优点如下：

    1、由于物镜兼做聚光镜，不需要很多调节。

    2、物镜数值孔径不受限制，在高放大倍率时，也可以获得高分辨率的图像。

    3、厚的或不透明的样本也能观察，厚的盖玻片也能使用。

    4、其他观察法也能与反射荧光结合使用，特别是和相差法和投射微分干涉差法结合。

    5、可以避免不必要的荧光色衰退现象。

    当然，它也存在一些缺点，比如在使用低倍率物镜时，像比较暗，因此必须用大数值孔径的物镜。对滤光镜系统也有所要求，要必须能够有效的分离开激发光和荧光。