共焦显微镜[ConfocalLaserScanningMicroscope(CLSM或LSCM)]在反射光的光路上加上了一块半反半透镜(BeamSplitter)，将已经通过透镜的反射光折向其它方向，在其焦点上有一个带有针孔（Pinhole）的挡板，小孔就位于焦点处，挡板后面是一个光电倍增管（photomultipliertube，PMT）。可以想像，探测光焦点前后的反射光通过这一套共焦系统，必不能聚焦到小孔上，会被挡板挡住。于是光度计测量的就是焦点处的反射光强度。

从一个点光源发射的探测光通过 透镜聚焦到被观测 物体上，如果物体恰在焦点上，那么反射光通过原透镜应当汇聚回到光源，这就是所谓的 共聚焦，简称共焦。其意义是：通过移动透镜系统可以对一个半透明的物体进行三维扫描。共聚焦显微镜能提供无比精确的三维成像，以及对亚细胞结构和动力学过程的精准测试。

激光扫描共聚焦显微镜是二十世纪80年代发展起来的一项具有划时代的高科技产品，它是在 荧光显微镜 成像基础上加装了激光扫描装置，利用 计算机进行图像处理，把 光学成像的分辨率提高了30%--40%，使用紫外或可见光激发荧光探针，从而得到细胞或组织内部微细结构的荧光图像，在亚细胞水平上观察诸如Ca2+ 、PH值，膜电位等生理信号及细胞形态的变化，成为形态学，分子生物学，神经科学，药理学，遗传学 等领域中新一代强有力的研究工具。激光共聚焦成像系统能够用于观察各种染色、非染色和 荧光标记的组织和细胞等，观察研究组织切片，细胞活体的生长发育特征，研究测定细胞内物质运输和能量转换。能够进行活体细胞中离子和PH值变化研究（RATIO），神经递质研究，微分干涉及 荧光的断层扫描，多重荧光的断层扫描及重叠，荧光光谱分析荧光各项指标定量分析荧光样品的时间延迟扫描及动态构件组织与细胞的三维动态结构构件，荧光共振 能量的转移的分析， 荧光原位杂交研究（FISH）， 细胞骨架研究， 基因定位研究，原位实时PCR产物分析， 荧光漂白恢复研究（FRAP），胞间通讯研究，蛋白质间研究，膜电位与 膜流动性等研究，完成 图像分析和 三维重建等分析。