荧光显微镜仪器的物镜及目镜镜头具有一套显微目镜和显微物镜系统它是在可见光通过与发荧光物体的光程范围内的条件下进行肉眼观察和在紫外线透射光下照相用的，常配有石英萤石物镜、玻璃透镜、消色差物镜等。

荧光显微镜抑制滤光片为了保护观察者的眼睛，在进入目镜的光路前安上波长在436nm以上的滤光片，它几乎完全吸收了波长短于365nm的紫外光线。

透射光系统由光源产生紫外光，经仪器的主体（台下折光棱镜及聚光镜）透射到载物台的岩石薄片上再经物镜、目镜直接投射到观察者的眼睛中。