共聚焦显微镜及配件制造商提供的软件可对荧光团共定位进行散点图分析。图 4 显示了一系列分析图，这个图是印度麂鹿皮肤成纤维细胞，用 AlexaFluor568 染色（标记对象是黏着斑蛋白，红色通道），同时用 Alexa Fluor488染色（标记对象是纤维状肌动蛋白，绿色通道）。在散点图中选择一个感兴趣区域进行分析，在图 4a 中用白颜色的长方形为这个感兴趣区域设定了信号的阈值，大多数共定位分析软件都可以进行这种功能分析。