因为电子显微镜使用的是电子束，光学显微镜使用的是可见光，电子束的波长比可见光的波长短，所以电子显微镜的分辨率远高于光学显微镜。

显微镜的分辨率与透过样品的电子束入射锥角和波长有关。

可见光的波长约为300～700纳米，而电子束的波长与加速电压有关。依据波粒二象性原理，高速的电子的波长比可见光的波长短，而显微镜的分辨率受其使用的波长的限制，因此电子显微镜的分辨率（0.2纳米）远高于光学显微镜的分辨率（200纳米）。

电子显微镜技术的应用是建立在光学显微镜的基础之上的，光学显微镜的分辨率为0.2μm，透射电子显微镜的分辨率为0.2nm，也就是说透射电子显微镜在光学显微镜的基础上放大了1000倍。

虽然电子显微镜的分辨率远高于光学显微镜，但是它具有一些缺点：

1、在电子显微镜中样本必须在真空中观察，因此无法观察活样本。随着技术的进步，环境扫描电镜将逐渐实现直接对活样本的观察；

2、在处理样本时可能会产生样本本来没有的结构，这加剧了此后分析图像的难度；

3、由于电子散射能力极强，容易发生二次衍射等；

4、由于为三维物体的二维平面投影像，有时像不唯一；

5、由于透射电子显微镜只能观察非常薄的样本，而有可能物质表面的结构与物质内部的结构不同；

6、超薄样品（100纳米以下），制样过程复杂、困难，制样有损伤；

7、电子束可能通过碰撞和加热破坏样本；

8、电子显微镜购买和维护的价格都比较高。