扫描探针显微镜的基本工作原理是利用探针与样品表面原子分子的相互作用，即当探针与样品表面接近至纳米尺度时形成的各种相互作用的物理场，通过检测相应的物理量而获得样品表面形貌。扫描探针显微镜丰要由探针、扫描器、位移传感器、控制器、检测系统和图像系统5部分组成。

　　控制器通过扫描器在竖直舛由方向移动样品以使探针和样品之间的距离稳定在某一固定值;同时在x-y水平平面移动样品，使探针按照扫描路径扫描样品表面。扫描探针显微镜在稳定探针与样品间距的情况下，检测系统检测探针与样品之间相互作用的相关物理量信号;在稳定相互作用物理量的情况下，则通过竖直方向礴由位移传感器检测探针与样品之问距离。图像系统则根据检测信号对样品表面进行成像等图像处理。

　　根据所利用的探针与样品之间相互作用物理场的不同，扫描探针显微镜被分为不同系列的显微镜。其中扫描隧道显微镜和原子力显微镜是比较常用的两类扫描探针显微镜。扫描隧道显微镜是通过检测探针与被测样品之间的隧道电流的大小来检测样品表面结构。原子力显微镜是通过光电位移传感器检测针尖一样品间的相互作用力所引起的微悬臂形变来检测样品表面。

　　扫描探针显微镜拥有原子分辨、原子搬运、纳米微加工等特点，但是由于细部各种扫描显微镜的工作原理不同，它们得到的结果所反映的样品表面信息是很不同的。扫描隧道显微镜测量的是样品表面的电子台分布信息，具有原子级别的分辨率但仍得不到样品的真结构。而原子显微镜探测的是原子之间的相互作用信息，因此可以得到样品表面原子分布的排列信息即样品的真实结构。但另一方面，原子力显微镜测不到可以和理论比较的电子态信息，因此二者各有短长。