荧光显微镜是用短波长的光线照射用荧光素染色过的被检物体，使之受激发后而产生长波长的荧光，然后观察。荧光显微镜广泛应用于生物，医学等领域。

荧光显微镜的正确使用方法：

1．右手握住荧光显微镜镜臂，左手托住镜座。

2．把荧光显微镜放在实验台上，略偏左(显微镜放在距实验台边缘7厘米左右处)。安装好目镜和物镜。

3．转动转换器，使低倍物镜对准通光孔(物镜的前端与载物台要保持2厘米的距离)。

4．把一个较大的光圈对准通光孔。左眼注视目镜内(右眼睁开，同时画图)。转动反光镜，使光线通过通光孔反射到镜筒内。通过目镜，可以看到白亮的视野。

5．把所要观察的玻片标本(也可以用印有“6”字的薄纸片制成)放在载物台上，用压片夹压住，标本要正对通光孔的中心。

6．转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓下降，直到物镜接近玻片标本为止(眼睛看着物镜，以免物镜碰到玻片标本)。

7．左眼向目镜内看，同时反方向转动粗准焦螺旋，使镜筒缓缓上升，直到看清物像为止。再略微转动细准焦螺旋，使看到的物像更加清晰。

注意事项：

1、激发光长时间的照射，会发生荧光的衰减和淬灭现象，因此尽可能缩短观察时间，暂时不观察时，应用挡板遮盖激发光。

2、作油镜观察时，应用"无荧光油"。

3、荧光几乎都较弱，应在较暗的室内进行。

4、电源装稳压器，否则电压不稳不仅会降低汞灯的寿命，也会影响镜检的效果。目前许多新兴生物研究领域应用到荧光显微镜，如基因原位杂交(FISH)等等。