电子显微镜在使用前的调校主要有：调焦，视度调节，瞳距调节和灯泡更换几个步骤。下面分别进行说明。调焦：将工作台板放入底座上的台板安装孔内。观察透明标本时，选用毛玻璃台板；观察不透明标本时，选用黑白台板。然后松开调焦滑座上的紧固螺钉，调节镜体的高度，使其与所选用的物镜放大倍数大体一致的工作距离。调好后，须锁紧紧固螺钉。调焦时，建议选用平面物体，如印有字符的平整纸张、直尺、三角板等。视度调节：先将左右目镜筒上的视度圈均调至0刻线位置。通常情况下，先从右目镜筒中观察。

将变倍手轮转至zui低倍位置，转动调焦手轮和视度调节圈对标本进行调节，直至标本的图像清晰后，再把变倍手轮转至zui高倍位置继续进行调节直到标本的图像清晰为止，此时，用左目镜筒观察，如不清晰则沿轴向调节左目镜筒上的视度圈，直到标本的图像清晰为止。瞳距调节：扳动两目镜筒，可以改变两目镜筒的出瞳距离。

当使用者观察视场中的两个圆形视场完全重合时，说明瞳距已调节好。应该注意的是由于个体的视力及眼睛的调节差异，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同时间使用同一台显微镜时，应分别进行齐焦调整，以便获得zui佳的观察效果。无论是更换上光源灯泡，还是更换下光源灯泡，在更换前，请务必将电源开关关上，电源线插头一定要从电源插座上拔下。当更换上光源灯泡时，先拧出上光源灯箱的滚花螺钉，取下灯箱，然后从灯座上卸下坏灯泡，换上好灯泡，再把灯箱和滚花螺钉装上即可