一般显微镜从用途上可以分为工业用显微镜和生物用显微镜。工业显微镜，顾名思义，主要是应用在工业上，因物镜与观察体距离较大，可进行镜下操作，可视范围教大。而工业上的应用主要就是观测材料，工业材料大部分非透明的，比如金属、复合材料、电子半导体器件。相对于生物显微镜主要应用于生命科学领域，观测的主要是细胞、病菌、组织等等，绝大多数是透明物体。由于观察试样的透明与非透明也就决定了两种显微镜在结构上的zui大不同：光路的不同，工业显微镜大多是反射照明光路既落射式照明（也有一些是带有透反两个光路或应用在地质方面的纯透光路），而生物显微镜除了荧光显微镜之外都是纯透射镜组，没有反射光路。在透镜组的材料使用方面也与普通生物显微镜有所不同，根据不同品牌，透镜组的材料不同。

显微镜的的目镜和物镜在未使用前室没有安装的，因此，每次使用显微镜前，先要目镜和物镜安装上去。显微镜目镜的安装并不难，关键是安装显微镜的物镜，确保物镜安装的正确。由于物镜价格昂贵，为确保安全，建议在安装显微镜物镜时要用左手食指和中指托住，然后用右手将物镜装上去，这样即使没安装好，也不会摔到地上。

显微镜测微尺由于不同显微镜及附件的放大倍数不同，因此校正目镜测微尺必须针对特定的显微镜和附件（特定的物镜、目镜、镜筒长度）进行，而且只能在特定的情况下重复使用，当更换不同放大倍数的目镜或物镜时，必须重新校正目镜测微尺每一格所代表的长度。校正方法如下:

把目镜的上透镜旋下，将目镜测微尺的刻度朝下轻轻地装入目镜的隔板上，把镜台测微尺置于载物台上，刻度朝上。先用低倍镜观察，对准焦距，视野中看清镜台测微尺的刻度后，转动目镜，使目镜测微尺与镜台测微尺的刻度平行，移动推动器，使两尺重叠，再使两尺的“0”刻度完全重合，定位后，仔细寻找两尺第二个完全重合的刻度，计数两重合刻度之间目镜测微尺的格数和镜台测微尺的格数。因为镜台测微尺的刻度每格长l0μm，所以由下列公式可以算出目镜测微尺每格所代表的长度。例如目镜测微尺5小格正好与镜台测微尺5小格重叠，已知镜台测微尺每小格为l0μm，则目镜测微尺上每小格长度为=5×10μm/5＝10μm用同法分别校正在高倍镜下和油镜下目镜测微尺每小格所代表的长度。