荧光显微镜所观察到的荧光图像，一是具有形态学特征，二是具有荧光的颜色和亮度，在判断结果时，必须将二者结合起来综合判断。结果记录根据主观指标，即凭工作者目力观察，作为一般定性观察基本上是可靠的。随着技术科学的发展，采用细胞分光光度计、流式细胞仪、激光共聚焦显微镜和图像分析仪等仪器。但这些仪器记录的结果，也必须结合主观的判断。荧光显微镜摄影技术对于记录荧光图像十分必要，由于荧光很易减弱褪色，要及时摄影记录结果。方法与普通显微镜摄影技术基本相同。只是需要采用高速感光胶片如ASA400以上或感光度27以上。因紫外光对荧光猝灭作用大，如FTTC的标记物，在紫外光下照射30s，荧光亮度降低50％。所以曝光速度太慢，就不能将荧光图像拍摄下来。一般研究型荧光显微镜都有半自动或全自动显微镜摄影系统装置，或用CCD与计算机连接，将图像存在计算机硬盘上。