荧光显微镜大体上可以分为透射式荧光显微镜和反射式（落射式）荧光显微镜。由于透射式荧光显微镜存在一系列的缺点，现在几乎已经被淘汰了，由更先进的反射式荧光显微镜所代替。反射式荧光显微镜多用高压汞灯或卤素灯作为光源，所用的物镜必须能够透过足够的紫外光，而且本身不产生荧光，对数值孔径没有限制。而且，它的物镜不仅能作为物镜用，还可以作为聚光镜用。而且它既可以观察厚的标本或不透明的标本都能观察。