共聚焦显微镜之所以能很好地克服传统的光学显微镜景深低的问题，主要是因为传统的光学显微镜使用面光源将光斑中的样品同时激发，当放大倍率增大，光学系统景深降低时，就会有很多未聚焦的信号被采集，导致无法在整个视野内得到清晰的图像。而共聚焦显微镜使光源前的针孔与检测器前的针孔形成共轭，因为只有靠近焦平面的信号才能被检测到，因此图像的光学分辨率，特别是在样品的深度方向上，远远优于传统的宽视野显微镜，结合激光光源的方向性好、高亮度、相干性好的特点，可以获得质量更高的图像。同时利用激光光源可以激发相对应激发波长的荧光成分，减少干扰荧光的影响。可以利用激光单色性好的特点实现单色光成像；若不对传统光源（例如氙灯、汞灯等，其光源波段都相当长）进行滤波处理，传统的光学显微镜很难实现单色光成像。